El programa de Salud Rural es una obra de responsabilidad social de la Asociación San José Obrero, el cual comienza a germinar en el año de 1986 a través de la Diócesis de Choluteca y la Parroquia San José Obrero, en el afán de llevar a las comunidades servicios de salud de los cuales carecían, ya sea por ser lugares de difícil acceso o por carecer de los recursos necesarios. En sus inicios la coordinación estuvo a cargo de un grupo de médicos españoles quienes tuvieron la difícil tarea de escoger y capacitar a voluntarios de estas comunidades en el difícil arte de proporcionar , no solo bienestar físico sino también espiritual a los necesitados, esto porque debemos tomar en cuenta que los voluntarios eran delegados de la palabra de Dios. En el año de 1988, la Asociación San José Obrero, y por iniciativa del Padre Alejandro López Tuero, se decide unir esfuerzos y a poyar dicha obra buscando la sostenibilidad de la misma, así, la coordinación del programa es dirigida por la Clínica en ese entonces San José Obrero (ahora Clínica San Francisco de Asís).

Las estadísticas al 2012 nos dicen que Honduras tiene una población de 8.2 millones de habitantes, de los cuales el 45% es menor de 12 años (niñez); según estudios realizados por UNICEF y el Ministerio de Salud, se conoce que el 60% de esa población infantil sufre algún grado de desnutrición, la cual se manifiesta con mayor énfasis en los departamentos mas postergados es decir mas pobres con menos servicios de atención publica. Choluteca se considera uno de los departamentos postergados del país, con niveles altos de desnutrición en la población con énfasis en los (as) niños (as). A través de los años, ha contribuido a mejorar las condiciones socio-sanitarias en las diferentes Aldeas y Comunidades rurales donde los servicios de salud del Estado no llegan o no son suficientes.